但华航的发展并非一帆风顺。在上世纪八九十年代时，因为一家独大，缺乏竞争，管理松懈，华航曾事故频发，是唯一“波音747玩空翻”的航空公司。1989年，航运起家的长荣集团投资成立长荣航空，迅速崛起并发展为台湾第二大航空公司。在长荣航空的竞争下，华航加强了安全管理，至今未再发生过重大事故。
长荣航空也发展的很好。至今已经拥有了74架各型飞机（其中宽体机52架），航线遍布四大洲。与中华航空相比，长荣航空“大小兼抓”。除了北美、澳州和欧洲航线外，对于省内航线也很重视。1998年，长荣航空出资控股马公航空，并联合自己参股的“大华航空”和“台湾航空”，成立了“立荣航空”。一直到现在，立荣航空还是金门和澎湖等地的重要运营商，甚至垄断了马祖两个机场的运营。
桃园机场壮机观的长荣重型机队
摄影：拉上窗帘 2018年
做为台湾“老大”，华航也经营过几家子公司。1991年，华航与和信集团合资创办“华信航空”。华信航空曾拥有波音747飞机，航线一度远达北美。后来，华信航空又经营台北－高雄航线，获利颇丰。但是2007年台北－高雄间的高铁通车，全程只要90分钟，两地间的航线因此大受打击。华信航空近些年将干线飞机和航线都交还给了华航，自己则开始引进ATR支线飞机，欲与立荣争夺省内市场的意图已非常明显。
台湾拥有丰富的旅游资源，观光产业是带动航空发展的重要源泉。2018年12月14日，台湾当年的游客数量再度突破了1000万大关，包括大陆游客在内的观光客成为了支撑台湾航空业发展的重要因素。大陆游客不仅有钱，而且愿意猎奇，其实像“望安”这样的小岛，如果愿意联合大陆方面开发旅游，每天送上去千把人，真的不是很难的事情。
