香港政府部门将12个方面的环境评估交予不同的第三方咨询机构进行，并公布中标咨询机构的名单和资历，力求获得全面和专业的意见。比如专门评估噪音影响的URS，有专业团队测评机场及航空噪音管理，已为全球超过10个机场做过噪音研究。第三跑道的环评总顾问，是1987年便为中国大型基建工程做环评顾问的莫特麦克唐纳（Mott MacDonald）。与此同时，政府还安排了另一家公司担任环评检讨顾问，避免“一言堂”。在香港，要完成一项大型基建，前期评估和调研需要花掉近1/4的时间。
6月28日，香港机场管理局举行了两场关于第三跑道环境评估的论坛，共有逾700名市民出席。香港可持续发展研究中心的首席研究员简浩然也参与了其中一场公众论坛。“当天很多环保团体和民众都提了不同的问题，也有专家在场详细解答了疑问，大家的关注点主要是空气质量和填海对中华白海豚的影响。”简浩然说。
环评报告的结论是，第三跑道工程对周边环境污染不会增加，对中华白海豚和鹭鸟林的影响也可以接受。环评报告一并建议，在跑道以北设立2400公顷的新海岸公园，弥补跑道工程对生态造成的损失。
当然，仍然有环保团体对此结论表示不满。海豚保育学会会长洪家耀就指出，中华白海豚喜爱在大屿山北面和西面游弋，虽然海豚可以游走避难，但附近的珠江口水域中，香港已是桥头堡，给中华白海豚的退路不多。洪家耀表示，2003年在港栖息的白海豚数量高峰期可达145条，但现在观察到的不足70条。兴建第三跑道会令海豚在大屿山北面海域绝迹。
对此，机管局负责建筑工程环保事务总经理李仲腾回应称，参考上世纪90年代兴建香港国际机场的经验，白海豚会在工程进行期间游到其他水域活动，待工程完成后，又会回来。环评报告建议在施工时采用免挖方法，避免撞击式打桩和水底爆破，减低对海床的干扰。建议还指，避免在3月至6月中华白海豚的生育高峰期进行部分打桩工程，同时，对施工期间工程船只的航速亦有限制。
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