在2018年，F-35项目转向了敏捷软件开发模型，该项目名为“持续能力开发和交付”(C2D2)。据项目负责人透露，他们的目标是更快地推出渐进式的软件改进和对过去缺陷的修正，而不是每年进行一次大规模的更新。然而，五角大楼的独立武器试验主管罗伯特·贝勒(Robert Behler)在作战试验鉴定办公室(Operational Test and Evaluation office) 1月30日发布的年度报告中表示，目前的C2D2计划是“高风险”的，并表示该计划办公室很难按计划进行。“目前的持续能力开发和交付(C2D2)过程未能跟上计划中能力的增加……旨在引入新功能或修复缺陷的软件更改通常会带来稳定性问题，并对其他功能产生负面影响。”在C2D2架构下，F-35将每六个月接收一次软件更新。这使得测试新代码的时间所剩无几，常常导致在该领域发现“重大”bug。为了证明新的软件，项目办公室打算更多地依赖建模和仿真工具，比如模拟高端威胁的联合仿真环境。然而，DOT&E报告指出，五角大楼需要为这些仿真工具提供足够的资金，但在撰写报告时，F-35现有的实验室和仿真环境没有发生重大变化。
F-35的后勤系统名为“自主保障信息系统”(ALIS)，用于包括任务规划、订购部件和诊断维修问题等的诸多功能。虽然ALIS在整体功能上有了一些改进，但它仍容易出现故障，处理速度也较慢。F-35项目办公室打算在未来几年内从ALIS过渡到一个名为“使用数据集成网络”(ODIN)的云原生后勤系统。联合项目办公室在1月21日的一份声明中指出，与由洛马公司开发的ALIS不同，ODIN将由政府所有，并由国防部和洛马公司共同开发，第一批ODIN硬件预计将于今年交付。完整的ODIN能力将于2022年12月部署。DOT&E的报告赞扬了F-35项目通过ODIN和一个名为“疯帽子”(“Mad Hatter”)的敏捷软件开发项目采取了一些“创新的方法”，但同时也质疑该项目是否在这些方面投入了足够的资金。
与此同时，尽管更新带来了改进，但ALIS仍然受到各种问题的困扰。报告认为:“ALIS的使用效率仍然很低，使用起来很麻烦，仍然需要使用大量的变通方法，数据的准确性和完整性仍然存在问题，还需要支持人员花费过多的时间。”“其结果是，它没有有效地支持预期的架次出动率和飞机可用性。用户仍然对ALIS的功能和稳定性缺乏信心。”虽然用户报告某些功能(如飞行员汇报或从便携式存储设备提取推进系统数据)的处理速度更快，但其他功能的响应速度变慢了。
此外，一个新的软件更新版本，ALIS 3.5，原计划在去年10月发布，但由于一些缺陷被推迟到2020年1月。部署完毕后，ALIS 3.5可能有助于改进F-35隐形涂层的评估，并降低从生产型飞机检查报告系统处理数据的时间。
DOT&E敦促F-35项目做更多的工作来纠正ALIS的电子设备日志数据，这些数据通过供应链跟踪备件，经常包含需要维修人员在现场纠正的错误。报告发现，这个过程仍然是“ALIS的一个主要不足，用户投诉的频繁来源，和管理员的一个主要负担”。
去年，美国国防部宣布，将推迟F-35战斗机的全速生产决定。尽管洛克希德公司已经在以所谓的“全速”生产F-35(2019年交付了134架喷气式飞机)，但国防部对全速生产的正式批准是一个重要的、象征性的标志，表明该项目已经通过了作战试验并已经成熟。
问题是，只有F-35在联合模拟环境中完成试验才能完成作战试验。联合模拟环境允许国防部在一系列高威胁场景中对F-35进行模拟评估。根据DOT&E的说法，JSE要到2020年7月才能准备好。F-35项目办公室正朝着这个时间表迈进。贝勒认为，“JSE团队一直在按照计划的时间线进行工作，有望在为今年夏天的作战试验提供一个模拟器。”
