经过多轮商讨与研究，1980年中国民航总局终于实现了完全脱军。
1980年3月5日，国务院、中央军委发出《关于民航总局不再由空军代管的通知》，明确除航行管制仍按《中华人民共和国飞行基本规则》执行外，其他工作均向国务院请示报告。中国民航第一轮体制改革算是完满结束。
顶层架构改革后，伴随着社会主义市场经济的推进，政企分家成为了中国民航体制第二轮改革重点。
1984年，关于实现政企分开，航空公司、机场和服务保障系统分设的改革在中国民航局内部酝酿。西南地区成为这轮改革的试点地区。1987年，中国民航西南地区管理局、中国西南航空公司、成都双流机场宣布成立。
此后，华东地区、华北地区、西北地区和东北地区先后完成改革。改革之后如何设立航空公司成为新问题。
中国民用航空局原副局长、党组副书记李军回忆，民航局报告并经中央原则同意的，是以原来6个地区管理局为基础，组建6个公司。但到正式实施时，对有不同意见，有的主张成立两个或三个公司。经过反复论证，仍然维持成立6个公司。
北京、上海、广州、西安、成都、沈阳6个地区管理局将航空运输业务、资产和人员分离出来，组建6个国家航空公司：中国国际航空公司、 中国 东 方 航 空 公 司、中国南方航空公司、中国西南航空公司、中国西北航空公司、中国北方航空公司。
十二届三中全会通过关于经济体制改革决定后，民航局与福建、新疆等省区联合成立航空公司。上海、武汉等地也自己成立航空公司。
为了进一步深化民航体制改革，中国民航局在2001年开启了企业与民航管理部门脱钩的改革，将绝大多数机场移交给了地方。
经历数十年的改革，中国民航系统终于实现了军政分开，政企分离。
2005：民资入局悲欢史
在2005年以前，中国民航业一直是国家队的天下。随着民营资本的逐渐崛起，以及民航业逐步与国际接轨后，民营资本能否进入中国民航，能否通过民营资本为中国民航带来新活力，成为主管部门不得不思考的问题。
为了避免恶性竞争，同时为了鼓励民营资本进入航空业，国务院颁布《公共航空运输企业经营许可规定》，放宽对民营资本的市场准入条件，对民营投资主体投资组建公共航空运输企业不作限制。
中国新华航空副总经理刘捷音成为第一个吃螃蟹的人。
嗅到开放味道的刘捷音在2004年开始筹建奥凯航空。2005年3月11日，奥凯航空在天津成功首航，成为中国民营航空第一飞。
在奥凯航空带动下，春秋航空、吉祥航空、鹰联航空、东星航空先后筹建，并于2005年-2006年间开始了自己的首航。
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