7月2日凌晨，健康宝发布新版，其中，对凌晨0-6时出具核酸检测结果的核酸检测天数计算规则进行了调整，由原来的当日显示为0天，调整为显示1天。相关负责人解释，这主要是考虑到这个时间段出的检测结果是在之前一日完成的采样，避免造成同一日采样，却由于核酸检测机构检测效率不高，反而核酸检测有效时间“多”出一天。本次调整后，核酸检测的有效天数不会因检测机构出结果快慢而不同，保持了一致性。“由于大部分核酸检测是当日检、当日出结果，不会受到本次调整的影响。”
有市民反映，之前已出检测结果的核酸检测天数在健康宝新版发布后突然多增了一天，影响出行。
北京健康宝“核酸检测天数计算规则”调整后，首都机场发布紧急通知，如果旅客使用北京健康宝扫码显示“核酸阴性时间”超过3天，但实际核酸检测结果不超过72小时，可以打开核酸疫苗查询页面，向工作人员出示核酸检测时间，如果符合要求，即可进入航站楼。
如使用核酸检测阴性证明纸质报告则以报告时间为准。
此后，北京相关部门也紧急按照“新检新办法、老检老办法”的原则进行了如下处理，以做好调整前后过渡衔接：对于6月29日、6月30日、7月1日三天中0-6时出具核酸检测结果的用户，仍按老办法呈现核酸检测天数，直至有新的核酸检测结果覆盖。目前，健康宝后台已展开对上述3日相关时段的检测天数的批量调整，并将尽快完成调整。
