不过，那时的中国民航业还比较弱小，乘坐飞机的人也不多，到海南旅游的人更是少之又少。
1996年，三亚机场年旅客吞吐量仅26万人次，名列全国第44位。
三亚凤凰机场自1994年7月通航以来，由于经营管理混乱等原因，陷入连年亏损、资不抵债的困境，截至2002年5月底账面累计亏损达5.2亿元。
客观的说，那时候的海航还是一家不错的企业，虽然组建不过10年的时间，但已经逐渐成长为海南省的明星企业。
尤其是在2000年后兼并了长安航空、新华航空以及陕西航空之后，一跃成为国内第四大航空集团。
2000年8月，海航集团受民航总局和海南省委托，控股经营海口美兰机场。
在海航的管理下，美兰机场还是经营得有声有色的。
尤其是在2002年11月18日，美兰机场在香港主板上市，更是让人对海航刮目相看。
2002年6月，海航集团旗下的海南美兰机场股份有限公司受海南省政府委托，对三亚凤凰机场进行运营管理。
海航接管凤凰机场后，通过实施资产整合、债务整合、股权整合、管理整合等一系列措施，已经发生明显变化，主要生产指标大幅增加，其中旅客吞吐量2002年首次突破100万人次；主、副业收入同步增长，2002年同比减亏1900多万元。
彼时的凤凰机场有些像如今的海航，由于过去的投资失误，凤凰机场遗留下大量法律纠纷，仅有资料可查的诉讼官司就有110多个，海航接管后处理案件60起，涉案标的19亿元。
2004年，海航集团完成对三亚凤凰国际机场的重组。
由此，海航集团取得三亚凤凰机场13.4亿元股权，占总股本67%；
海南机场公司持股6.4亿元，占总股本的32%；
海南华顺实业持股2000万元，占总股本的1%。
此后，经过多达11次的股权变更以及增资扩股，三亚凤凰机场总股本增至57.7亿元。
其中海航旗下的海航机场控股、海航机场集团分别持股56.33%、18.19%，合计持有74.52%。
平安基金旗下的平安大华汇通财富持股25.06%。
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