2020年自新冠肺炎疫情发生以来，为降低T2和T3航站楼同时使用带来的服务保障压力和疫情防控压力，避免造成有限资源浪费和人力虚耗，乌鲁木齐国际机场分公司已于8月2日00:00关闭了T2航站楼，所有进出港航班全部转场至T3航站楼继续运行。
乌鲁木齐国际机场T3航站楼共有3个值机环岛区域，分别为A区、B区、C区。
A区里A01-A10是南方航空高端柜台、两舱（头等、商务舱）
及员工柜台，A11-A20可办理南方航空、厦门航空、江西航空、河北航空、四川航空疆内出行航班，A-B区的环岛位置是南方航空问询柜台、天缘国旅售票处和机场速递。
B区B21-B40可办理南方航空、厦门航空、江西航空、河北航空、四川航空疆外出行航班（其中B27-B28为军人依法优先、消防救援人员优先柜台，B29为特殊旅客柜台）。
C区中间环岛是南航值班主任柜台和机场问询、逾重行李收费、机场售票处、机场办保险等，C41-48可办理乌鲁木齐航空、天津航空、首都航空、西部航空、祥鹏航空、长安航空、桂林航空、金鹏航空值机手续（其中C41为值班主任柜台、候补柜台，C42为特殊旅客柜台），C49-C60可办理海南航空、中国航空、中国东方航空、山东航空、上海航空、吉祥航空、深圳航空、奥凯航空、长龙航空、青岛航空、春秋航空、九元航空、联合航空、华夏航空、东海航空值机手续（C51-C53为春秋航空值机柜台，C60为老、弱、病、残、孕等特殊旅客值机柜台并作为临时的值班主任柜台）。
目前，随着复工复产“十举措”的落地见效，乌鲁木齐国际机场航班起降架次以及进出港旅客人数与日俱增。在此温馨提示广大旅客及时关注所乘各航空公司的售票信息以及疫情防控要求。如遇疑问、困难可随时拨打机场客服电话0991-96556或者搜索关注机场官方微信公众号——“乌鲁木齐地窝堡国际机场”并在后台留言，有专人接听和回复。
