我来解释一下空气加压。现在一般的民航客机，基本上巡航高度都在1万米以上，在这个高度空气是非常稀薄的，所以同等体积下空气中的氧气含量是很低的，人类无法在那样的环境里生存。但是飞机上所能携带的氧气，又是很有限的，不能够满足这么多人的使用。所以飞机设计用压缩舱外的空气的方式，也就是将稀薄的空气压缩体积，使得其中氧气浓度上升，这样的压缩空气再在经过空调系统，就能变成机舱里面循环的新鲜空气了。
在飞机飞到1万英尺高度的时候，驾驶舱系统响起了报警声，报警声是提示机舱失压。但是不知道是什么原因，使得机长和副驾驶同时就误判了提示音，甚至在地面维修人员问他们说：“你确认空气增压按钮是在自动上吗？”他们仍然没有作出反应。事后分析最有可能的原因，是当时他们已经处于大脑缺氧的状态。这种因为海拔原因，导致空气中的氧含量下降，会大大降低人们的脑力和体力。当海拔在18000英尺的时候，空气中的氧含量只有地面的一半。而这种海拔快速的上升，导致的空气含氧量下降，会在人们还没能意识到问题的时候，快速的丧失各种能力，包括视力、听力、注意力、记忆力等等。人感觉就像是喝醉了酒一样，最终会导致昏迷，甚至于死亡。
在飞机爬升到14000英尺的时候，客舱的氧气面罩触发脱落，大概也是在这个时候，机长就离开了自己的位置。他可能是想去关闭警报声，但是在那个时候，他已经是处于大脑缺氧状态，开始失去判断力。驾驶舱不像是客舱里面的氧气面罩会自动放下来的，飞行员是需要自己选择佩戴，但是显然在那个时候，他们并没有意识到自己是缺氧了。很快他们就都晕倒了，这个时候后面的乘客，是因为有氧气面罩，所以仍然是清醒的，但是氧气面罩里面的氧气是有限的，只能是维持15分钟的供氧量。如果这个时候飞机能够降低飞行高度，或者是打开加压系统，飞机上的人都是能够获救的。但是当时的飞机仍然是处于自动驾驶模式，还在继续爬升，直到34000英尺的巡航高度，也就是大概1万米的高空，然后在接下来两个小时中，飞机就一直保持在高度继续飞行。
在大概11:50的时候，飞机到达雅典附近的海域，自动导航结束了，此时飞机是处于手动驾驶模式，但是显然当时驾驶舱里的飞行员，已经不能操控飞机了，而此时飞机开始在空中转圈飞行。几分钟之后，飞机就因为燃油耗尽坠毁。
在最后几分锺进入驾驶舱控制飞机的人又是谁呢？调查人员通过驾驶舱中提取到的第三个人的指纹分析，这人名叫安德列亚斯，是机上的一名空乘人员，他拥有商用飞行员执照，并且曾经接受过大约260~270小时的飞行训练，但是他并没有接受过驾驶波音737的训练。当时和他在一起的，还有一个女空乘是他的女友。他们当时应该是意识到问题严重，所以在氧气面罩脱落下15分锺后，他们又拿起了便携式的氧气瓶，他发现所有的乘客都昏迷了，但是飞机仍然是正常的在飞行，并没有下降。他们用对讲机联系驾驶室，但是却没有人应答，他们试图进入驾驶舱，但是在911事件之后，所有飞机通往驾驶舱的门，都是做过加密处理的，而且只有驾驶员知道密码，没有密码的话是无法进入的。
最终当F16战斗机追上客机的时候，这两个人才成功的开门进入驾驶舱，他先是解除了自动驾驶系统，想要自己手动控制飞机，但是没过多久燃油就耗尽了。
根据黑匣子的记录，飞机在飞入希腊境内的时候，机上的无线电仍然是在塞浦路斯频道上。而这名空乘在控制飞机之后，试图与地面联系，但是由于频道不对，所以地面没有接到他的求救，以至于有一段时间里面，大家都认为他就是劫机犯。
太阳神航空在次年，也就是2006年因银行账户遭塞浦路斯政府冻结，而停飞歇业。这架发生事故的飞机，是使用不到十年的新飞机，灾难发生令所有人始料不及，塞浦路斯政府为此举国哀悼3天。
我们先不谈驾驶员的疏忽，飞机控制面板上一个简单的旋钮，旋一下就可以杀死飞机上所有的人，而且当飞机处于没有增压的情况下，还可以正常的起飞以及自动驾驶。为什么系统除了提示音之外，没有其他的保险设置呢？为什么飞机在起飞前，没有错误提示？这一切感觉都来得太容易了，我们虽然可以把责任都推卸给死者，因为他没有仔细检查，但是这样的失误，换来的代价有点太大了。而关于锁死驾驶舱舱门的问题，如果当时他们能更快的进入驾驶舱，飞机坠毁的概率就会大大降低。于是就有人开始质疑、这种为了反恐设计而带来的副作用。这起事故之后，波音公司对飞机上的设计缺陷，做了改进，希望以后这样的空难会越来越少。
