1996年，厦航获批准经营福建始发的至邻近国家和地区航空客货运输航线，迈出了国际化的重要一步；1999年，厦航成为国际航空运输协会正式会员；2001年，厦航注销其全资子公司福建航空，成立厦航福州分公司。
进入新世纪，2003年的非典和2008年的金融危机对民航业造成重创。虽然在全行业普遍亏损的情况下，厦航凭借稳健的经营管理依旧实现了盈利，但是两次危机让厦航人意识到，在民航市场发展的全新阶段，企业必须主动转型升级，谋求更大的发展空间。
2009年，在新任总经理车尚轮的带领下，厦航提出“独具特色，顾客首选，亚太一流”的发展愿景，进入了实施大战略、谋求大发展、打造大集团、实现大跨越的全新历史时期。
航线不多，市场有限，就主动出击。厦航在国内市场上新设湖南、北京两家分公司，并增加郑州、大连、南宁、昆明、深圳、西宁等过夜基地，完善航线网络；国际市场方面，通过加入世界三大航空联盟之一的天合联盟，将航线网络扩大到全球范围。
2013年，厦航机队规模增至100架，步入大中型航空公司的行列。自2014年起，厦航陆续引进波音787梦想客机，陆续开通多条洲际航线。而在收购河北航空、参与组建江西航空后，厦航产业集团的版图呼之欲出。
自党的十八大以来，厦航实现了跨越式发展。2018年，厦航年运送旅客预计将超过3600万人次，营业收入超过300亿元，总资产近500亿元。大胆地试、勇敢地闯，始终与时代同行的厦航就如同它的航徽一般，展翅翱翔在蓝天之上。
一本改革创新
精益求精的经营秘诀
2000年4月，时任福建省省长的习近平到厦航视察时指出：“厦航之所以有口皆碑，一是依靠改革，二是舍得投入，三是服务规范，四是以人为本。因此，企业路子对，员工素质高，经营效益好，为省市的发展作出了积极的贡献。”
彼时的厦航虽然规模不算大，但长期以来着力打基础、整制度、建规范，为企业健康发展奠定了良好的管理基础，不仅赢得了旅客的认同，而且已经连续盈利13年。
“依靠改革、舍得投入、服务规范、以人为本”这简明扼要的16个字总结了厦航前期发展的成功经验，更成为厦航一步步腾飞，创造31年连续盈利纪录、34年安全飞行纪录，荣获 “中国质量奖”的经营秘诀。
诞生在经济特区的厦航，始终把“特”字作为经营发展的要诀。其以董事会领导下的现代公司治理结构，通过清晰的产权关系、明确的责权利边界和完善的监督约束机制，建成了精简的管理体制并形成了务实的经营风格。
在机制上，厦航敢于突破。通过建立“三高模式”（高效率、高压力、高工资）和“业绩升薪酬升、业绩降薪酬降”的动态量化绩效考核体系，充分激发公司上下的积极性和创造性。在机构上，厦航精简高效。始终将公司层级控制在两级以内，一线部门的管理层级控制在三级以内，成为中国民航业内管理最扁平、机构设置最精简、管理职数最精干、岗位配备最精细的航空公司。在创新上，厦航持续发力。发展创新文化，建立创新机制，培育创新人才，为企业发展带来红利。
厦航式服务已经成为中国民航业的标杆。
得益于管理上的改革创新，2017年厦航全员人座比仅为0.62，管理人员占全员总数的5.5%，人均产值为160万元，劳动生产率处于行业前列。自2009年以来，厦航座公里成本为0.436元，比行业平均低6.5分钱；成本费用占收入的比重为93%，比行业平均低4个百分点。同时，厦航拥有50余项领先的技术成果，拥有国家发明专利16项，参与制定国际标准1项、国家标准2项。
凡是有利于提升安全水平，有利于加快企业发展，有利于提升效益或造福社会的，厦航都愿意投入、舍得投入、坚决投入。
在安全投入上，厦航不惜血本。自2009年以来，厦航投入500亿元巨资引进了160架新一代波音飞机，其中包括12架波音787宽体客机。厦航机队平均机龄仅为5年左右，是世界上最年轻的机队；投入80亿元用于购置安全生产设备和开展安全技术创新。在飞行上，提出“在航路上遇到颠簸区域时，可以不计燃油成本进行绕飞”。
在发展投入上，厦航累计投入近百亿元，在杭州、长沙、南昌、福州、天津等地建立生产基地；累计投入超过10亿元，购置了8台全动型模拟机、乘务训练动舱等专业训练设备。坚持选用高标准食材，让旅客吃得好。先后实施多次较大规模的薪酬改革，将公司发展成果与员工共享。
在社会责任投入上，厦航将航线网络与省市发展紧密结合，近9年新开了30余个三、四线城市航点，还通过开展扶贫助学、志愿服务、节能减排、环境保护，积极参加公益活动，被评为“中国航空服务业最具社会责任感杰出企业”。
坚持投入但绝不盲目投入，这是厦航秉持的一项原则。“我们始终聚焦航空运输主业，不盲目涉足其他行业或市场。”车尚轮介绍道。
厦航一直秉持“四不”原则：不对外提供担保，不对外拆借资金，不参与大风险和不可控的投资，不做与主业无关、低回报率的投资，自成立以来从未发生大额的投资损失。
在市场定位方面，厦航坚持“国内客运为主，兼顾国际和货运”的策略，不介入货机、支线飞机市场，将有限资源集中投放在盈利能力最强的特定市场上，因此收获了良好效益。在机队建设上，厦航坚持以波音737为主的简单机队结构，有效地降低了人员培训、运营维护、航材储备等成本，达到了最优性价比。
早在1997年，厦航就编写了
《厦航营运总册》，这部企业“小宪法”让一切工作都有章可循、有
“法”可依。现在厦航拥有各类手册共94种，约1350万字，实现了所有运行管理职能全覆盖，并以6个月为期限定期对手册进行更新。通过这些手册，厦航人养成了将规章视为“安全生命线”的职业习惯和
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