放到航线上面也存在雷同的情况，大部分航司在申请航线上面首先争取飞往北上广深这种大城市，其次才是二三线城市。
于是一二线繁忙的机场，在原本趋近于饱和运力的基础上上，后来者的出现导致运力过剩的现象。
过剩的运力不能一直让它保存着浪费资源同时也得花钱维护，于是航司开始往三四线分布这多余的运力，以致于原本在三四线扎根的支线航空可施展空间变少了。
第三高昂的成本使得支线航空票价不低
国内现有支线飞机可选择不多，大部分在飞的支线飞机以E190与CRJ-700/900为主，而这些飞机通常采用购买的形式，这就不可避免产生相应的税负。
据悉国内航空公司购买国外的支线飞机，需承担高达22.85%的税负，尽管后期相应有减免5个点的优惠政策，这也让支线航司的固定成本支出占据了部分。
其次支线飞机的运营成本不小，同等条件下航司在机组、乘务以及维修人员等人工成本上面并不必大飞机的少，但是支线飞机的客座量却只有干线飞机中的320系列或者737系列的一半左右。
而支线航空的航线距离越短，每公里成本越高，进而导致小飞机的客座成本高。同时短距离对应的起降次数多，使得小飞机产生更多的机械损坏以致后期维护成本更高。
第三方支出费用，支线飞机要起降不可避免的要向类似地主的机场缴纳一定的费用，而这个费用尽管有政策不断倾斜支持支线航空，可是有限的减免以及不明确的政策并不能因此而忽略这一笔支出。
诸多的的成本使得支线要想拥有更高的利润只能在高票价上面下功夫，从而失去其竞争力。
第四有限的航班时刻表
支线航空按照定义是为枢纽和干线机场集散客（货）源的区域性航线运输的力量，所以符合支线航空的特征就是从支线机场往一线机场输运客源或者货源。
而我们国内大部分机场在航班时刻表上以干线优先为原则，使得在有限的时刻表里，支线航班并不能很好的切入其中，所以我们对于过早或者过晚的支线航班并不以为然。
但是最早即或者最晚航班让想依赖航空出行的商旅人士在枢纽机场和下一趟航班衔接上，至少需要多花一个晚上的时间，这就使得一些计划乘坐支线航班的客源望而却步。
所以有限的航班时刻使得支线航空在实现中小城市到枢纽中心的运输网络上没有明显的优势，这也是阻挡其顺利发展的一个地方。（上述也可以说优质航线全部被干线航空占领，支线无法打破这种垄断局面。）
第五 支线机场密度不足
我国与美国差不多的国土面积，但是机场密度方面远不及美国，截止目前2017年底我国颁证机场为229个。
而美国的机场数量除去那些军用以及私人机场，供航空公司使用的机场高达670个，而这个数据截止为2015年。
低密度的机场使得支线网络的搭建受限，进一步阻碍了支线航空的发展。同时我国相关资质人员缺乏，要大力发展支线航空，对应就需要更多的飞行人员、维修人员等。
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