然而，“航空公司属地化”道路绝非一帆风顺，河南航空还未完成股权变更便因“伊春空难”而“夭折”，东北航空在广西的支线航线网络也因运营困难而无奈与广西政府“分手”，转投河北省政府的“怀抱”。这里折射出“属地化”的两大软肋。第一，地方航空独立运营，在资源配置上难以实现飞机、飞行人员、运营保障、资金等资源与母公司的充分共享，实际上因规模较小，运营成本较高，并不“经济”。同时由于肩负拉动地方经济增长的重任，在航线网络布局，客货市场营销，甚至是机型选型和保障能力建设上与母公司难以实现真正意义上的战略协同。此外，母公司对其安全运营的监管有时也难以到位，这也是河南航空发生“伊春空难”的原因之一。第二，地方航空运营支线和政策性航线，经营压力较大。如天津航空、河北航空、祥鹏航空、昆明航空和原东北航空，均以运营支线为主，市场小，成本高，收益低，面临一定的经营压力，需要地方政府持续的“输血”。此前东北航空“出走”河北，便是迫于经营困难。
“十二五”期间，地方政府对民航业的经济拉动作用将有更加清晰的认识，与航空公司的合作也将更加深入，还会有更多的地方航空投入运营。在航空公司与地方政府“以运力按市场”的同时，如何实现母子公司的战略协同，如何让支线和政策性航线实现可持续发展，将成为航空公司及地方政府新的课题。
