目前，在深圳机场经营定期国际客运航班的有欣丰虎航空公司（Tiger Airways Pte Ltd）航和马来西亚亚洲航空公司（AirAsia Berhad）两家国际廉价航空公司。其中，欣丰虎航2006年4月在深开通新加坡航线，亚洲航空公司2007年7月在深开通曼谷、吉隆坡航线，10月开通沙巴（马来西亚）航线。欣丰虎航每周一、二、三、五、六有2班、亚洲航空公司每天有8班，在深圳机场每天40余架次的出入境航班中，占到了航班数量的30%，而出入境客源更是达到50%以上，且有比重不断加大的趋势。在经营过程中，廉价航空不断推出优惠措施，赢得了旅客的青睐。
以上航班出于节约成本的考虑，一般具有工作人员少、停靠时间短，进出港时间晚等特点，针对这些特点和乘客较多的情况，深圳机场出入境边防检查站对此类航班建立了一套科学有效的特殊保障机制，包括定期分析客流高峰，制作《客流高峰预警表》，实施“增加执勤警力”、“提前加开通道”等有效措施全力确保旅客24小时顺利通行。
