2002年至2008年是澳门航空的迅速增长期。2002年10月8日，澳门航空的一架波音727开通了全货运航线。2004年，澳门航空成立专门的货运部门，并引进了两架空客A300B4F全货机，提供服务于台北、南京、上海、厦门等城市。在此期间的台湾人经常使用“一机到底”的澳门专机模式，这让往返两地的台湾人中转时间缩短为30分钟。
2008-2009年，海峡开放了直航，澳门航空的业务大幅萎缩。又逢金融危机，澳门经济低迷，这让澳航的运营举步维艰。此时澳门特区政府、澳门中联办和中国航空集团对澳门航空进行资助，并由国航牵头对澳门航空进行股权重组和注资。
2010年至今，经过调整的澳航逐步进入正轨。澳门航空2011年11月向澳门特别行政区配售新股而获得7亿元现金。
图、澳门航空公司标识
2015年1月，澳门航空正式加入国航“凤凰知音”常旅客计划。代码共享航空公司包括中国国际航空、全日空、韩亚航空、菲律宾航空和深圳航空公司。
