但这一方案需要解决的问题会比普通的直接合并更多，而即便是后者也已经面临不小的阻碍。
在推动9家航空公司整合为3家时，国航还没有上市，三家航空公司也还没有加入国际性的航空联盟，各自单打独斗。但三家公司目前分别在A股、港股和美股都有上市，国航属星空联盟，南航和东航则属天合联盟。一旦要合并，不仅资本市场的关系需要耗时梳理，对各自联盟甚至整个航空业界的格局都将产生巨大影响。
过去几年，三大航不断与地方政府合作成立了一大批地方航空公司，如果要合并势必要处理复杂的股权关系，希望依靠民航拉动经济的地方政府对合并也可能持反对态度。
此外，三家航空公司合并后低价竞争或许可能得到控制，但对于消费者却未必是好事情。正如前文所述，在2007年表态否定三大航合并时，时任民航总局局长杨元元就曾提出这一观点。
不过綦琦认为，如果合并能够得到强力的推动，这些都只是技术性的问题，“关键还是要考虑如果改革能带来什么样的成效，能否更好地实现资源优化配置。”
