2002年12月21日，复兴航空编号B-22708的货机，执飞GE791航班，在台北时间01:52时，于飞航途中机翼遭严重积冰后，在马公西南方约17公里处坠海失事，机上驾驶员2人皆失踪。
2014年7月23日，复兴航空的一架机号为B-22810的ATR 72-212A在马公机场大雨及疑似受麦德姆台风影响，班机向塔台要求重飞后于澎湖县湖西乡西溪村重飞失败。
2015年2月4日，复兴航空的一架机号为B-22816的ATR 72-600在台北松山机场10时45分起飞后，10时55分擦撞福尔摩沙高速公路环东大道高架桥导致坠河。已造成19名旅客遇难。
